Utilisation du marqueur MiFish (12S) pour le développement d’une approche de caractérisation des espèces côtières à l’aide d’ADN environnemental (ADNe)

10.26071/ogsl-2239bca5-c24a

La caractérisation des espèces par l’ADN environnemental (ADNe) est une méthode qui permet d’utiliser l’ADN libéré dans l’environnement par les organismes de diverses sources (sécrétions, fèces, gamètes, tissus, etc.). C’est un outil complémentaire aux méthodes standards d’échantillonnage pour l’identification de la biodiversité. Ce projet fournit une liste d’espèces de poissons et de mammifères marins dont l’ADN a été détecté dans des échantillons d’eau collectés entre 2019 et 2021 à l’aide du marqueur mitochondrial MiFish (12S).

Les relevés ont été réalisés à l’été 2019 (14-18 juillet) et (30 juillet - 5 août), à l’automne 2020 (27-28 octobre) et à l’été-automne 2021 (31 mai - 3 juin) et (24-25 août) entre Forestville et Godbout (Haute-Côte-Nord). L’échantillonnage a été réalisé entre 1-50 mètres de profondeur dans 91 stations, avec 1 à 3 réplicats par station. La collecte a eu lieu à partir des navires NGCC Leim et le Clovert, ainsi qu'à partir de la berge. Deux litres d’eau ont été filtrés sur un filtre en fibre de verre de 1.2 µm. Les extractions de l’ADN ont été effectuées avec le kit d’extraction DNeasy Blood and Tissue ou PowerWater (Qiagen). Des contrôles négatifs de terrains, d’extractions et de PCR ont été ajoutés aux différentes étapes du protocole. Les librairies ont été préparées soit par Génome Québec (2019, 2020) ou par le Laboratoire de Génomique de l’Institut Maurice-Lamontagne (2021), puis séquencées sur un système NovaSeq 4000 PE250 par Génome Québec. L’analyse bio-informatique des séquences obtenues a été réalisée à l’aide d’un pipeline d’analyse développé au laboratoire de Génomique. Une première étape a permis l’obtention d’une table d’unité moléculaire opérationnelle de taxonomie (Molecular operational taxonomic unit, MOTU) à l’aide du logiciel Cutadapt pour le retrait des adaptateurs et du paquet R DADA2 pour la filtration, la fusion, le retrait des chimères et la compilation des données. La table de MOTUs a par la suite été corrigée à l’aide du paquet R metabaR pour éliminer le tag-jumping et prendre en considération les contaminants. Les échantillons présentant une forte présence de MOTUs contaminants ont été retirés du jeu de données. Les MOTUs ont été filtrés également pour retirer toutes les séquences d'adaptateurs restantes et conserver également ceux de la taille attendue (autour de 170 pb). Finalement, les assignations taxonomiques ont été effectuées sur les MOTUs à l’aide du programme BLAST+ en utilisant la base de données de NCBI-nt. Les niveaux taxonomiques (espèce, genre ou famille) ont été attribués en utilisant une méthode de la meilleure correspondance (Top hit) avec un seuil de 95%. Seules les assignations au niveau des poissons et mammifères marins ont été considérées, et les taxons détectés ont été comparés à une liste d'espèces régionales, et corrigés si besoin. Les détections d’espèce des différents réplicas ont été combinées.

Le fichier fourni comprend les informations génériques de l'activité, notamment le site, le nom de la station, la date, le type de marqueur, les types des assignations utilisés pour l’identification des taxons et une liste de taxons ou espèces. La liste de taxons a été vérifiée par un expert en biodiversité de l'Institut Maurice-Lamontagne.

Ce projet a été financé par le Programme sur les données environnementales côtières de référence de Pêches et Océans Canada dans le cadre du Plan de protection des océans. Cette initiative vise à acquérir des données environnementales de base qui contribuent à la caractérisation des zones côtières d’importance et appuient des évaluations fondées sur des preuves ainsi que les décisions de gestion afin de préserver les écosystèmes marins. Consultez le jeu de données aussi disponible sur le portail de Données Ouvertes Canada.

Accès et utilisation

Licence: Open Government Licence 2.0 (Canada)

Données et ressources

Citation

Mots clés

Étendue du jeu de données

Date(s) de référence des métadonnées janvier 30, 2023 (Publication)
juillet 17, 2023 (Revision)
Date(s) de référence des données décembre 14, 2019 (Création)
Fréquence de mise à jour Au besoin

Partie responsable 1
Nom
Velasquez, Sandra
Affiliation
Fisheries and Oceans Canada ROR logo
Courriel
Sandra.Velasquez@dfo-mpo.gc.ca
Rôle
  • Auteur
  • Dépositaire
  • Distributeur
  • Propriétaire
  • Point de contact
  • Collaborateur
Partie responsable 2
Nom
Bourret, Audrey
Affiliation
Fisheries and Oceans Canada ROR logo
Courriel
Audrey.bourret@dfo-mpo.gc.ca
Rôle
  • Point de contact
  • Collaborateur
Partie responsable 3
Nom
Gendreau, Yanick Gendreau
Affiliation
Fisheries and Oceans Canada ROR logo
Courriel
Yanick.Gendreau@dfo-mpo.gc.ca
Rôle
  • Auteur
  • Dépositaire
  • Distributeur
  • Propriétaire
  • Collaborateur
Partie responsable 4
Affiliation
Fisheries and Oceans Canada ROR logo
Rôle
  • Distributeur
  • Propriétaire
Partie responsable 5
Nom
Section, Gestion des données
Affiliation
Fisheries and Oceans Canada ROR logo
Courriel
gddaiss-dmsaisb@dfo-mpo.gc.ca
Rôle
Point de contact

Champ Valeur
Variables océaniques
  • Abondance et diversité de poissons
  • Abondance et distribution de tortues, oiseaux et mammifères marins
  • Autre
Portée Jeu de données
Statut En cours
Note de maintenance Generated from https://cioos-siooc.github.io/metadata-entry-form
Étendue spatiale [[[-69.09, 48.67], [-69.06, 48.8], [-68.85, 48.85], [-68.69, 48.95], [-68.55, 49.07], [-68.39, 49.16], [-68.28, 49.23], [-68.11, 49.28], [-67.84, 49.31], [-67.68, 49.32], [-67.52, 49.33], [-67.4, 49.33], [-67.33, 49.31], [-69.06, 48.61], [-69.09, 48.67]]]
Latitude limite Nord 48.61
Latitude limite Sud 49.33
Longitude limite Est -67.33
Longitude limite Ouest -69.09
Étendue temporelle
Début
2019-12-14
Fin
2021-08-25
Étendue verticale
Min
1.0
Max
50.0
Langue par défaut Français
Identifiant de citation
Code
https://doi.org/10.26071/ogsl-2239bca5-c24a
Included in Data Catalogue
Included in Data Catalogue 1
Nom
OGSL/SLGO
URL
https://catalogue.ogsl.ca