La mission Hypoxie 2021 – C2021-06 avait pour objectif de fournir une évaluation nouvelle et éclairée de la relation entre la réactivité de la matière organique naturelle et le fonctionnement de l'écosystème benthique dans l’estuaire du Saint-Laurent. À cette fin, la mission a réuni une équipe de chercheuses et chercheurs issu.e.s de trois institutions québécoises, soit l'ISMER-UQAR, l'Université McGill et l'Université Concordia, et dont les travaux sont en grande partie axés sur le devenir de la matière organique dans les milieux naturels ainsi que sur les processus écologiques benthiques qu'elle soutient. Cette initiative supportée par le programme temps navire du CRNSG (CRSNG – temps navire 556538-2021) s'est déroulée en aout 2021 de l'estuaire moyen au golfe du St-Laurent et en passant par le fjord du Saguenay.
Ce jeu de données présente les profiles verticaux de salinité pratique, température, oxygène dissous, fluorescence, transmissivité, et densité d'une douzaine de stations, de la surface à 350 m de profondeur. Bien que les sondes soient calibrées par le fabricant au cours de l'année, des échantillons discrets de salinité ont été prélevés dans toute la colonne d'eau et analysés sur un salinomètre Guildline Autosal 8400 calibré avec l'eau de mer standard de l'IAPSO (International Association for the Physical Sciences of the Oceans) et les profils CTD retraités après la mission. De même, les concentrations d'oxygène dissous ont été déterminées par titrage chimique Winkler (Grasshoff et al., 1999) sur une quarantaine d'échantillons d'eau discrets collectés directement dans les bouteilles Niskin. L'écart-type relatif, basé sur des analyses répétées d'échantillons prélevés dans la même bouteille Niskin, était inférieur à 1 %. Ces mesures ont également servi à étalonner la sonde à oxygène SBE-43 montée sur la rosette.
L'équipe à bord était composée de 12 personnes, des professeur.e.s, des jeunes chercheur.e.s et étudiant.e.s stagiaires. Une base de données biogéochimiques sur des échantillons d'eau discrets est associée à ce jeu de données physico-chimiques.